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Another example of inter-connections between members of Acytota is primitive TEs - insertion sequences, e. IS26, that can be inserted into plasmids 18 or amplification of satellites within TEs. Their life cycles, however, are sometimes intricate, as exemplified by the above inter-connection episodes.

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Acytota possess a large range of amplification modes. LTR retrotransposons migrate between the nucleus where they are transcribed and cytoplasm where a new DNA copy is formed by reverse transcription.

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Looking at the modes of amplification, we can see that some members of Acytota change nuclear and cytoplasmic phases genomic copies of TEs and satellites versus their cytoplasmatic intermediates while others are confined to extra-nuclear stages DNA plasmids.

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Since Acytotapresumably predated is a virus eukaryote or prokaryote origin of the cell, they are inextricably embedded in the tree of life with widespread effect on other life forms, although their contribution may alter over time. Retrotransposons, that retained the ancient RNA phase in the life-cycle, probably constituted the first genomes, along with satellites.

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Acytota is a kingdom of life covering satellites, plasmids, transposable elements, viroids and viruses, all is a virus eukaryote or prokaryote the conventional tree of life but satisfying most life definitions. We recently revived the Acytota as a kingdom of life covering genetic entities such as satellites, plasmids, transposable elements, viroids and viruses, all outside the traditional tree of life but qualifying nonetheless as life link to very basic definitions.

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In our view, Acytota predate the origin of the cell and interconnect all branches of the tree of life, inseparable from other life forms and indispensable for them. The persisting debate about whether viruses are alive or not 15,38 still reverberates but recent discoveries of e.

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Here, we focus on the plethora of Acytota forms dominated by a large variety of transposable elements and on the great variety of life styles involving e. The close link of Acytota to other life forms is characterized by the gene flow both from Acytota members e.

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The dependence of virophages on giant viruses resembles non-autonomous TEs that utilize the replication machinery of autonomous TEs e. Some of these have similar and others, different mechanisms of amplification.

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Helitrons are amplified extrachromosomally by a rolling-circle mechanism though the details of this process are unknown. The transposition of Polintonsself-synthesising DNA transposons, uses a completely different mechanism, hitherto unseen in transposons.

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Transposable elements can migrate outside the cells in body fluids. Since Acytotapresumably predated the origin of the cell, they are inextricably embedded in the tree of life with widespread effect on other life forms, although their contribution may alter over time.

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Retrotransposons, that retained the ancient RNA phase in the life-cycle, probably constituted the first genomes, along with satellites. The first genes were formed later.

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Like in Cytota, interrelationships between species include i autonomous existence though in the environment of the rest of the Biotaii semi-autonomous food chain dependenceiii pathological coexistence, iv symbiosis and v obligatory symbiosis. The autonomous existence of Acytota perhaps characterized the earliest stages of life.

Most of the Acytotain particular, viruses and phages and, here, plasmids and TEs, are involved in the vibrant horizontal gene transfer HGT between Acytota and Cytota and within them. This traffic of genome parts can be considered a form of symbiosis plasmids with bacterial genomes and obligatory symbiosis domesticated TEs with cellular genomes.

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Of all Acytotainvasive by nature, the TEs are, perhaps, least damaging to their hosts following invasion. Many TEs reside in the host genomes temporarily or permanently, often without any visible phenotypic effects - seemingly neutral passengers of the genomes.

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However, numerous cases have been documented of transposition events resulting in advantageous changes in host genome function which are apparently picked up by selection pressure. This evolutionarily refreshing role makes TEs a major vehicle of evolution, introducing changes much faster than point mutations.

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Moreover, their promiscuous life style allows them to by-pass the limitations of strictly vertical genetic transmission, and permits all kingdoms to a certain degree to share their accumulated genomic memory and evolutionary achievements - by HGT of new functionalities by TEs. Rapidly accumulating knowledge of the HGT already justifies the claim that TEs and other mobile elements are major contributors to is a virus eukaryote or prokaryote evolution of all Biotaincluding Acytota themselves.

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A large number of domesticated TEs have been published over the last decade 44,13 and there is no doubt that TEs play a role as the regulators of gene expression, often building whole regulatory networks. Although it is thought that giardiasis vacuna mechanisms arose as a genome defense against TEs, an alternative view that has emerged recently is that epigenetic mechanisms were formed first and only is a virus eukaryote or prokaryote enabled massive expansion of TEs.

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For example, marine viruses regulate the populations of many sea organisms. This could have a major effect on ocean nutrient cycles and climate and these viruses could then be major players in global ecosystems. It follows from the above, that the cell-based tree of life is incomplete without adding the Acytota.

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Viruses appear to have evolved from capsidless Acytotalike plasmids or TEs, and vice versa, on multiple occasions during evolution. Life is networked by Acytota members — not only cellular genes 19 but TEs, plasmids and whole viruses in particular are horizontally transferred.

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TEs are present in all genomes not only because of their ancient origin but also partially thanks to HGT. The HGT of transposable elements has been described in source species for review see 43 and has great impact on genome evolution.

It is influenced by the transposition mechanism of a given TE group.

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For example, Maverick transposons exhibit a patchy distribution pointing to both their ancient origin and horizontal transmission. The Darwinian and Haeckelian tree of life has been replaced by the network of life new paradigm where branches are interconnected.

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Nevertheless, all kingdoms are polyphyletic, although the proportions of genes having the same origin and genes from diverse phyla can differ between taxons. Acytota are often parasitic entities, either genomic TEs and satellites or cellular viruses, viroidsalthough they are also beneficial for the cell plasmids, TEs.

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In TEs in particular but also among other Acytotawe can find a continuum of relationships, from parasitism via competition and symbiosis to cooperation between various TE families in the genome ecosystem. Here, we propose not only adding viruses but extending a newly built tree of life to other acellular genetic entities such as satellites, plasmids and TEs.

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Encompassing the prolific variety of RNA and DNA-containing entities that multiply within and propagate between cells in Acytota kingdom, challenges existing definitions of life. The common tendency is to include in the definition, all major manifestations of life.

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This trend, however, makes any attempt to imitate or model the origin of life highly unrealistic. On the other hand, some simple forms of life have a better chance.

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ABSTRACT Acytota is a kingdom of life covering satellites, plasmids, transposable elements, viroids and viruses, all outside the conventional tree of life but satisfying most life definitions.

Introduction We recently revived the Acytota as a kingdom of life covering genetic entities such as satellites, plasmids, transposable elements, viroids and viruses, all outside the traditional tree of life but qualifying is a virus eukaryote or prokaryote as life according to very basic definitions.

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Acytota are polyphyletic like other kingdoms and not more parasitic than other organisms It follows from the above, that the cell-based tree of life is incomplete without adding the Acytota.

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